Algunos de sus primeros libros, escritos durante su experiencia americana, en Berkeley y Yale, como Mineros y comerciantes en el México borbónico (1971) y Haciendas y ranchos en el Bajío mexicano (1973), cuyo esbozo inicial apareció como artículo en la revista Historia Mexicana, de El Colegio de México, no sólo fueron muestras representativas de historia económica y social sino de una comprensión de la realidad mexicana desde el peso de las regiones.
Lo mismo podría decirse de sus estudios sobre el obispado de Michoacán durante el periodo borbónico, que desembocaron en el volumen Una iglesia asediada (1996), editado, como tantos otros de sus libros, en el Fondo de Cultura Económica. Historia regional fue, también, Caudillos y campesinos en la Revolución mexicana (1985), donde el historiador británico se movió con soltura entre el Morelos de Zapata y los caudillos sonorenses.
El flanco de historia cultural e intelectual de la obra de Brading -Los orígenes del nacionalismo mexicano (1973), Mito y profecía en la historia de México (1988), Orbe indiano (1991), La virgen de Guadalupe (2002)…- fue, tal vez, el mejor editado pero también el más debatido. Una de sus ideas rectoras es que existe una continuidad prolongada entre el patriotismo criollo de la Nueva España, el republicanismo y el liberalismo del siglo XIX y la Revolución de principios del siglo XX.
La tesis, anunciada en Los orígenes del nacionalismo y años después más trabajada en Orbe indiano, aunque través de una contraposición con el Perú, nació, según Brading, de su lectura de la Historia de la Revolución de la Nueva España, antiguamente llamada Anáhuac (1813) de Fray Servando Teresa de Mier. En ese texto, que tanto inquietó a Simón Bolívar, se mezclaban el guadalupanismo, el culto a Quetzalcóatl y la idea de la independencia como recuperación de una soberanía perdida con la conquista española.
La nueva historiografía crítica de los nacionalismos ha puesto en tela de juicio esa visión. Lo que nunca podrá reprochársele a Brading es la elocuencia con la que la expuso, a través de lecturas precisas de Bartolomé de las Casas, de la Monarquía indiana de Juan de Torquemada y los tratados de jesuitas expulsos del siglo XVIII como Francisco Javier Alegre y Francisco Javier Clavijero.
Su demostración de que aquella creencia en una nación preexistente era más vieja que el Plan de Iguala sigue siendo válida, aunque la misma fuese tan manipulada por la historia oficial del liberalismo del siglo XIX y del nacionalismo revolucionario del XX. Brading parecía dar menos importancia al carácter "inventado" o "imaginario" de aquella tradición que al hecho de que la misma fuese experimentada como real o cierta por los propios actores de la historia cultural y política del México moderno.